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福建船政交通职业学院主动服务“交通强国”战略及福建省“四个交通”“两个体系”建设需要，形成以航海技术、安全技术与管理专业群为龙头的现代综合立体交通专业集群；对接区域海洋经济，成立航海学院日本AV清水健，开设航海技术、轮机工程技术、船舶工程技术、国际邮轮乘务等涉海专业，打造航海技术、安全技术与管理“双高”专业群，学校“双高”建设近5年总投入6.8亿元；探索形成“‘精益求精密益求密’成果导向双循环高职人才培养质量管理模式”等创新成果，获国家级教学成果奖7项、省级8项。

传承“厂校一体”办学模式，福建船政交通职业学院正推动产教深度融合，牵头成立全国性“现代港口物流”“智能制造”等4个行业产教融合共同体，共建工信部船舶智能制造“专精特新”产业学院，获批国家级示范性职教集团1个、省级3个，汇聚多方产教优势资源，形成校企协同育人的良好生态；牵头组建福州市智能船舶运用行业技术创新中心、福建省“智能装备应用技术协同创新中心”等5个创新平台，主持完成福建沿航路梳理与海上风电场规划方案研究，为“百台万吨”深海养殖项目提供论证，编写《福建沿海航行指南》等4项行业指南。